El proyecto climateprediction.net comenzó en 1999, cuando Myles Alles escribió un comentario en la revista Nature titulado "Do-it-yourself climate prediction" (se podría traducir como "Predicción climática hazlo-tú-mismo").
En 2000, David Stainforth (Oxford University), la Met Office, el Rutherford Appleton Laboratory y la University of Reading se involucraron activamente. En 2002, gracias a los fondos del Natural Environment Research Council (NERC - Consejo de Investigación del Medio Ambiente) y el Department of Trade and Industry (DTI - Departamento de Negocios e Industria), el proyecto creció enormemente y nos permitió utilizar los conocimientos de la Open University, del KMi y del Oxford Computing Laboratory (ComLab - Laboratorio de Computación de Oxford).
Inicialmente denominado Casino-21 (en referencia a las simulaciones Monte Carlo y al clima del siglo XXI), el proyecto cambió su nombre a climateprediction.com en 2001. En 2002, se cambió a climateprediction.net para dejar claro que no somos una empresa comercial. En 2003 el equipo del proyecto creció todavía más, aportando más experiencia en computación y simulación climática. Comenzamos la fase de pruebas alfa a finales de 2002 y la fase beta, en primavera de 2003.